Desde épocas remotas se pierden en la noche del tiempo anterior a la conquista, la plaga de las inundaciones se ha cernido sobre la ciudad como un azote continuo y amenazador. De tiempo en tiempo ha descargado sobre ella, con más o menos furia pero siempre causando gravísimos perjuicios e impidiendo el desarrollo expansivo de la población…”.
Desde su fundación, la ciudad ha sufrido inundaciones, se tienen registro de las catástrofes desde 1704, siendo la de el 5 de julio de 1760, la del 30 de junio y el 1 de julio de 1905, las más desastrosas en la historia de Guanajuato.
Respecto a la inundación de 1705, hay un informe de que fueron 240 casas y haciendas dañadas y que el número de muertos se elevó a más de 200. Las calles Cantarranas, Alonso y la avenida Juárez fueron las más afectadas. Los recintos religiosos más perjudicados fueron el templo del Inmaculado Corazón de María (Belén) y la capilla del Hospital de los Tarascos.
Por lo que respecta a la inundación suscitada en 1905, se registraron un total de 117 casas afectadas en mayor o menor grado. Se encontraron 54 muertos, entre ellos 29 no identificados.
El ingeniero Salvador Toscano compró un cinematógrafo Lumiére en 1897 y filmó la inundación de la ciudad en 1905.